חוק המועצה הלאומית למחקר ופיתוח אזרחי מפרט את תפקידי המועצה כדלהלן:

1. לייעץ לממשלה בנושא תכנון, ארגון והסדרה של המחקר והפיתוח האזרחי ובנושא תקציבים  לפיתוחו;
2. להמליץ לממשלה על קווים למדיניות לאומית כוללת, שנתית ורב שנתית, בתחום המחקר והפיתוח האזרחי;
3. להמליץ לממשלה בכל הנוגע לתחומי עדיפות לאומיים בנושא המחקר והפיתוח האזרחי;
4. להמליץ לממשלה על הקמת תשתיות למחקר ולפיתוח, ועל ביצוע פרויקטים בתחום המדע והטכנולוגיה;
5. לייעץ לממשלה, וכן לועדת השרים לענייני מדע וטכנולוגיה ולפורום המדענים הראשיים של משרדי הממשלה או לגופים אחרים הממלאים תפקיד דומה, בנושאים הקשורים למחקר ולפיתוח הממשלתי, לרבות בנושא הקמת מוסדות מחקר ממשלתיים והחזקתם, וכן להמליץ על אמות מידה מקצועיות למינוי המדענים הראשיים במשרדי הממשלה ולמינוי ראשי מוסדות מחקר ממשלתיים;
6. לייעץ לממשלה, לפי בקשתה, בכל נושא אחר הקשור לתחום המחקר והפיתוח.

ועדות המשנה:

המועצה נערכת למילוי תפקידיה באמצעות ועדות משנה עליהן מוטל לבחון את הנושאים השונים שבאחריות המועצה ולהציע דרכי פעולה והמלצות המובאות לדיון מסכם ולאישור במליאת המועצה. עד כה מונו שבע ועדות ומספרן הכולל עשוי להגיע לעשר.

הוועדות הפעילות:
• הוועדה הלאומית  למערך הנתונים הלאומי על המו"פ בישראל
• הוועדה הלאומית לתשתיות מחקר (ות"מ)
• הוועדה הלאומית לקשרי אקדמיה-תעשיה
• הוועדה הלאומית לתיאום בין מו"פ אזרחי למו"פ בטחוני
• הוועדה הלאומית לתיאום קשרי מו"פ בינלאומיים
• הוועדה הלאומית למחקר ולפיתוח בתחום האנרגיה
• הוועדה הלאומית לקידום המחקר והפיתוח  במדעי החיים והרפואה
 
 
הכלים למדיניות שעל פיהם פועלת המועצה:

- מתודולוגיה לקביעת עדיפויות במימון מו"פ ומפתח תקציבי לפי שיקולים שונים.
- מתודולוגיה לחיזוי צרכים הקשורים למו"פ,  לזיהוי תחומי מדע וטכנולוגיה, שמן הראוי להיכנס אליהם לשם השגת יתרונות בעתיד בישראל מבחינת המשאבים המושקעים, כוח אדם וכספים (תוצאות הפעילות), פטנטים, חברות הזנק, הכנסות מידע וכדומה, איכות המידע, מאמרים, ציטוטים וכדומה.
- מעקב אחר התפתחויות בחו"ל הן מבחינת הפעילות המדעית הטכנולוגית והן מבחינת מדיניות המו"פ, הסטנדרטים למדידת הפעילות וכיו"ב. רצוי להשתתף באופן מסודר במסגרות העוסקות בפיצוח מדיניות ומתודולוגיה כנ"ל כגון: EU, OECD וכדומה.
- חקר הקשרים בין הקידום הטכנולוגי לבין צמיחת המשק. רמת התעסוקה, הפערים החברתיים וכדומה, וכן הקשרים עם רכיבי החינוך וההשכלה הגבוהה בכלל, וההשכלה בפרט לבין רמת ביצועם בתחום המו"פ.